Las titulaciones impartidas en el IBEI dependen de un Sistema de Garantía Interna de Calidad (SGIC), el responsable último es el Consejo Científico del Instituto, que valora la satisfacción de los alumnos y el funcionamiento global de los programas, así como de la calidad del centro, para garantizar la mejora continua de los másters e informar posteriormente al máximo órgano de gobierno de la institución, el patronato.

El citado Consejo realiza un seguimiento diario de la calidad mediante la Comisión de Calidad Docente, que es el organismo responsable de gestionar y realizar el seguimiento del Sistema de Garantía Interno de Calidad del Instituto.