El Consell Científic regulat pels Estatuts de la Fundació té com a competències els temes acadèmics relacionats amb l'activitat de l'IBEI, com ara el programa detallat, la normativa necessària, la posada en marxa de nous programes, entre d'altres. Per això hi són representades únicament les universitats patrones de l'IBEI. 

La composició del Consell Científic és la següent: 

PRESIDENT

Laura Chaqués Bonafont,
Directora, IBEI
Catedràtica, Universitat de Barcelona

VOCALS

Esther Barbé,
Investigadora Associada Sènior, IBEI
Catedràtica, Universitat Autònoma de Barcelona

Ana Sofia Cardenal,
Professora, Universitat Oberta de Catalunya

Juan Díez Medrano,
Investigador Sènior, IBEI
Catedràtic, Universidad Carlos III Madrid

Caterina Garcia,
Catedràtica, Universitat Pompeu Fabra

Jean Grugel,
Professora de recerca, IBEI
Catedràtica, University of York

Matthias vom Hau,
Coordinador de Recerca i Professor agregat, IBEI

Robert Kissack,
Cap d’Estudis i Professor agregat, IBEI

Andreu Olesti,
Catedràtic, Universitat de Barcelona

Lourdes Reig Puig,
Vicerectora de Política Internacional, Universitat Politècnica de Catalunya

Martin Shaw,
Professor de recerca, IBEI
Professor emèrit, University of Sussex